Podczas prowadzonych w latach 60. XX w. wykopalisk pod kościołem, w zachodniej części nawy głównej, odsłonięto wkopany w ziemię pusty grób, zawierający resztki trumny wraz z żelaznymi okuciami i dwie kości rzepek ludzkich. Grób ten został przykryty gipsową posadzką kościoła romańskiego, około połowy lub w drugiej połowie XII w. Podczas prac związanych z przebudową kościoła lub z wykonaniem nowego grobu, zapewne przed połową XIII w., wspomniany pochówek został opróżniony.

Po jego odsłonięciu przyjęto w zasadzie powszechnie, że mógł to być grób Bolesława Szczodrego, jako fundatora opactwa. Uznano, że zachowane okucia trumienne mogą świadczyć o transporcie zwłok z Węgier. Potwierdzałoby się to w przypadku Bolesława, który po konflikcie z biskupem Stanisławem, opuścił Polskę i udał się na Węgry, gdzie niebawem zmarł, zapewne otruty.

Jakiś czas po jego śmierci króla Bolesława sprowadzono do kraju jego szczątki. Złożenie ich w grodzie wawelskim mogło budzić rozmaite protesty, żyjących wówczas jeszcze świadków konfliktu. Bardziej neutralnym miejsce mogło być nieodległe od Krakowa opactwo w Tyńcu, którego zmarły monarcha był współfundatorem i dobrodziejem. Nie można jednak określić, kiedy tego dokonano: czy jeszcze za panowania Władysława Hermana, gdy wrócił do Polski, syn Bolesława Mieszko (w połowie lat 80. XI w.), czy już za panowania Bolesława Krzywoustego. Za tą pierwszą opcją przemawia fakt, że uroczysty pogrzeb zmarłego monarchy stanowił legalizację władzy jego następcy, w tym przypadku Władysława Hermana. Zatarcie śladów po monarszym pochówku wiązano z rozwojem kultu św. Stanisława, zwłaszcza po jego kanonizacji w 1254 r., a jednocześnie z rozwojem „czarnej” legendy króla-zabójcy świętego biskupa. Należy jednak pamiętać, że mamy tu do czynienia jedynie z hipotezą, interesującą, ale w zasadzie niemożliwą do udowodnienia.