około 1044 r. książę Kazimierz Odnowiciel zakłada opactwo.

XI/XII w. - powstaje zespół kamiennych budowli: trójnawowa bazylika romańska oraz zabudowania klasztorne. Około 1124 r. legat papieski, kardynał Idzi z Tuskulum, poświęca kościół i wystawia dokument potwierdzający posiadłości opactwa.

XIII/XIV w. - zniszczenia podczas najazdów tatarskich oraz podczas walk o tron krakowski pomiędzy księciem Władysławem Łokietkiem a zwolennikami czeskich Przemyślidów. Budowa zamku-rezydencji opatów.

XV w. - rozbudowa kościoła i klasztoru w stylu gotyckim; budowa drugiego kościoła poświęconego w  1463 r. oraz nowych krużganków; rozbudowa klasztoru w kierunku południowo wchodnim.

XVI w. - rozkwit opactwa. Przebudowa dalszej części zabudowań w stylu renesansowym. 

XVII w. - okres tzw. komendy (1604-1739), czyli narzucania przez króla opatów spoza wspólnoty. W 1. poł. XVII w. kolejna przebudowa kościoła w stylu barokowym. Wykonanie stalli w chórze zakonnym z obrazami przedstawiającymi życie św. Benedykta i sceny z życia świętych benedyktyńskich. Wojny w połowie XVII w. niszczą opactwo i jego dobra. 

XVIII w. - z zakończeniem okresu komendy opactwo rozkwita na nowo. Rozbudowa południowego skrzydła klasztoru, gdzie umieszczona zostaje biblioteka. Franciszek Placidi projektuje ołtarze z czarnego marmuru, wśród nich ołtarz główny z obrazem Najświętszej Trójcy i patronów opactwa, św. Apostołów Piotra i Pawła. Konfederacja barska (1768-1772). W opactwie zamienionym w twierdzę konfederaci stawiają silny opór wojskom rosyjskim. Walki rujnują klasztor. Opactwo wchodzi w obszar pierwszego zaboru austriackiego. Benedyktyni raz jeszcze odbudowują klasztor. 

XIX w. - władze austriackie w 1816 r. kasują opactwo. W latach 1821-1826 ma w Tyńcu siedzibę biskupstwo, przeniesione następnie do Tarnowa. Biskup Tomasz Ziegler wywozi naczynia, szaty liturgiczne i znaczną część biblioteki do Tarnowa. W 1831 r. pożar trawi dachy opactwa. Klasztor znów staje się ruiną, a ocalały kościół przejmuje parafia.

XX w. - w latach 30. belgijskie opactwo św. Andrzeja w Brugii staje się ośrodkiem formacji polskich powołań benedyktyńskich. Biskup krakowski Adam Sapieha oddaje ruiny dawnego opactwa na miejsce nowej fundacji. Grupka mnichów przybywa do Tyńca 30 lipca 1939. Ich przełożonym został o. Karol van Oost. Podjęte dzieło przetrwało okres wojny i lata komunizmu.

Odbudowa zespołu klasztornego trwała od 1947 do 2008 r.